私も含めてここで作業されている方は殆ど Mozilla Translator を使用していなかったはずです。手作業でファイルを書き換えてスクリプトでパッケージングするとかいった作業の仕方になっています。
ですから、あまり適切な回答ができないかも知れませんが、読み込む JAR ファイル中の HTML などの文字コードとか、どのような文字化けが起きているのかとか、もう少し詳細な状況を書いて頂けないでしょうか?
日本語の言語リソースといってもファイルタイプによって UTF-8 で保存されているもの以外に properties ファイルのように escaped-unicode 形式になっているものなどもあるので、その辺の処理が違うのかも知れません。
また、当該 JAR ファイルを UP して頂けたりしたら手元で確認というのもできるかと思います。もしバグであることが確認できたら報告する丁度よい機会もありますし…
http://moz.skillup.jp/jlp/viewtopic.php?t=180
Translator を実用レベルで使ったことがない私が確認してみても理解できないかも知れませんが、検証対象の JAR ファイルがあれば時間のあるときに確認してみます…(^^;